Was ist denn daran so schlimm? [...] Nur weil das Framework etwas bietet, muss es nicht besser oder angemessener sein.
$('#foo') ist auch praktisch dasselbe wie document.getElementById('foo').
Wenn man ein Framework verwendet, sollte man es aber nach Möglichkeit konsequent verwenden. Nur so ist sichergestellt, dass man Eventualtitäten, die man ggf. selbst nicht kennt, nicht beachten muss.
Jemand wie du, der weiß wie JavaScript im Detail funktioniert und was in welchem Browser zu beachten ist, kann entscheiden ob es "risikofrei" ist oder nicht - jemand der das Framework verwendet weil er es nicht besser weiß, sollte aber tunlichst nicht daran vorbeiarbeiten und es sich garnicht erst angewöhnen.
Beispiel:
In TYPO3-Extension ist es auch problemlos möglich mit mysql-Funktionen aus PHP zu arbeiten, es hatte aber nicht wirklich Sinn, weil die Abstraktiosschicht die Daten quasi 1:1 durchgereicht hat. Seit TYPO3 4.4 ist die Abstraktionsschicht aber in der Lage mit verschiedenen DBMS umzugehen - will nun jemand eine andere Datenbank als MySQL verwenden, sind solche am Framework vorbeiprogrammierte Extensions extrem unhandlich und müssen manuell nachgebessert werden.