Hallo,
Sorry ich habe leider gar keine Ahnung warum es bei dir Abkackt, kenne texnicCenter auch gar nicht. Ich wollte nur schreiben dass wir bei unserer Bachelor's Thesis auch bibtex verwendet haben, aber wir nutzten das Programm Lyx zum schreiben: http://www.lyx.org/. Nur damit falls du keine Lösung finden kannst, du die Alternative kennst.
Jeena