RewriteRule ^app/(.+)$ index.php?app=$1 [L]
Wie wäre es mit einem absoluten Pfad?
Sprich
RewriteRule ^app/(.+)$ /index.php?app=$1 [L] ? (index.php liegt im DocumentRoot)
Geht leider auch nicht.
Sobald das Verzeichnis existiert, wird ?app=verzeichnis angehangen, hm.