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Nicht zwangsläufig. Schau dir Wordpress oder Contao oder Typo an, da steht genug Code in den Templates.
Das mag daran liegen, das PHP breits eine Template-Sprache und gleichzeitig eine Programmiersprache ist :p
Also wie ich Inhalte zu einer Seite "zusammenklebe" ist mir schon klar, ich hab nur ein Verständnisprobleme mit der Anordnung bzw. der Platzierung.
Indem du entweder PHP als Template-Sprache verwendest, eine externe Template-Engine (Smarty z.B.) verwendest oder selbst etwas schreibst.