Moin,
<a href="popup.php?id=$id" target="_blank" onclick="return popup(this.href,'id');">
Du scheinst wenig Ahnung von dem zu haben was du tust. Wenn du einen Parameter an die Zieldatei übergibst (id), dann kannst du doch einfach auch noch einen zweiten übergeben:
<a href="popup.php?id=$id&knr=$knr" target="_blank" onclick="return popup(this.href,'id');">
Grüße Marco