Zu deinem Beispiel:
A. belegt 999 * den Speicherplatz für einen Integer weniger als B.
Die Antwort auf deine Frage ist also Ja.
Ein Prototype ist mehr oder weniger auch nur ein normales Object auf das alle Instanzen des Prototypes verweisen.
Noch ein Beispiel:
function Foo(bar) {
if (bar && bar !== this.bar) {
this.bar = bar;
}
}
Foo.prototype.bar = 'Foos bar';
foo = new Foo;
bar = new Foo(Foo.prototype.bar);
baz = new Foo('baz');
console.log(foo,bar,baz);
Foo.prototype.bar = null;
console.log(foo,bar,baz);
delete baz.bar;
console.log(baz);