So, ich konnte mir doch selbst helfen. Bin bei der "Brainbox" geblieben. Hier gab es im der .js Datei ein Statement, was der IE nicht wollte:
element.style.top = t +"px";
Das habe ich rausgelöscht (hat scheinbar keine großartige Wirkung) und seitdem geht es auch im IE 8 und 9 (sonst konnte ich keine ausprobieren).
Sehr hübsche Variante der Lightbox, wie ich finde - kann ich sehr empfehlen ;-)
Viele Grüße,
Sophia