Den PHP-Code kann man grundsätzlich hinschreiben wo man will. Ich persönlich schreibe ihn meistens an den Anfang der Seite.
Wenn der PHP-Code HTML-Code erzeugen soll, kann man das z.B. so machen:
Anfang der Seite:
<?php
$inhalt="Test";
?>
Im HTML-Code:
<html>
<body>
<?php echo $inhalt ?>
~~~html
</html>
</body>
So wird der Code oben erzeugt und dann über Variablen in den HTML-Code gebracht.