CPAN: File Checking mit variabler UID

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Ja, starte einfach das Programm als root. sudo ist das probate Mittel dafür. Eine andere Möglichkeit ist, das Setuid-Bit auf der auszuführenden Datei zu setzen (nicht empfohlen).

Das alles sind Unixgrundlagen. Bitte mache dich mit der Systemprogrammierung auf C-Ebene bezüglich Benutzer/Gruppen vertraut, ein geeigneter Einstiegspunkt ist http://enwp.org/Setuid.

PS: Taintcheck für sicherheitskritische Programme ist Pflicht. Benutze immer -T im Shebang/Kommandozeile.