suit: eigenen Tag definieren

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HTML5 geht aber nicht - oder versteht IE6 das? Denn damit muss ich rechnen.
(<IE6 aber wahrscheinlich nicht mehr)

Wenn du ohnehin JavaScript verwendest, ist das kein Problem - du nutzt ja keine HTML5-Features sondern nur irgendetwas das nach SGML aussieht und per DOM mit JavaScript gelesen/manipuliert wird.

Du kannst sogar HTML5-Elemente verwenden:
http://code.google.com/p/html5shiv/

Aber wenns dir nur um das Lesen der Werte geht, kannst du darauf verzichten.

Kann ich denn eine eigene DTD einsetzen, um HTML zu erweitern, oder muss ich dazu - wie bei XHTML - die ganze Sprache neu definieren?

Vergiss das :)

Das mit den custom attributes wäre wahrscheinlich eine Möglichkeit die Daten sauber zu aktualisieren. Aber das geht wohl auch erst mit HTML5, oder?

Das ging immer schon, weil sich JavaScript/DOM einen Dreck um die DTD schert - in HTML5 sind diese Attribute aber valide.

und das so, dass auch IE6 damit klar kommt

Eine Selector-Engine oder ein Framework währen hier sicher hilfreich - bringst du ein paar Kb für z.B. jQuery unter?