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Hat das irgendwelche Nachteile?
Kommt auf deine Arbeitsweise an.
Wenn jeder Codeteil, jede Funktion und jede Klasse ausreichend dokumentiert ist, kannst du per PHPDoc, Apigen o.ä. eine gute Doku erzeugen.
Mit einer solchen Doku finde ich eine Funktion leichter in einer grösseren Datei, die Codeteile logisch zusammenfasst, als in einzelnen kleinen Dateien.
Config-Dateien und Klassen sind bei mir aber grundsätzlich jeweils eine eigene Datei, Dateien mit 5 Zeilen hab ich aber nicht, die fasse ich dann zusammen.
Ob es also Vor- oder Nachteile hat, ist IMO Geschmacksache. Die Performance dürfte vernachlässigbar sein, da dabei ganz andere Faktoren eine grössere Rolle spielen.
henf