Hallo!
IE 9 hat noch einen wichtigen Marktanteil, sollte aber nicht technologisch maßgeblich sein.
Wenn IE 9 sehr wichtig ist und du ihm möglichst das gleiche Layout geben willst, dann macht Flexbox keinen Sinn. Du müsstest sonst für alte IEs das Layout mit Floats, display:table, display:inline-block, position:absolute o.ä. aufwändig nachbauen. Das ist nicht ratsam und lohnt nicht. Dann könntest du es auch gleich für alle Browser z.B. mit Floats umsetzen und dir die doppelte Arbeit sparen.
Flexbox macht Sinn wenn du damit ein Layout umsetzt, daß mit den herkömmlichen Methoden nicht ohne weitres möglich ist. Mit Flexbox kann man Elrmente viel intelligenter und einfacher ausrichten und verteilen. Du kannst die Site in alten IEs mit wenig Aufwand gut aussehen lassen, und neuere Browser kommen in den vollen Flexbox Genuß.
Johannes