Hallo Student07.05.2015,
nach Durchsicht der anderen Antworten auf Deine Frage und ohne Dich entmutigen zu wollen, empfehle ich Euch, einen Experten zu beauftragen. Ich glaube kaum, dass man Dir auf diesem Wege sinnvoll weiterhelfen kann.
Einem Experten in diesem Bereich könnt ihr sagen, was am Ende dabei rauskommen soll und er überlegt sich einen Weg, dieses Ziel zu erreichen. Denn bei so einer Aufgabenstellung, die vermutlich ohnehin nicht sehr einfach ist, kann man schon nicht vernünfig überlegen, wenn man viele Begriffe nicht kennt oder durcheinander wirft. Da besteht zuerst ein Nachholbedarf, wenn ihr Euch an sowas probieren möchtet.
Außerdem glaube ich, dass ihr schon ein konzeptionelles Problem habt. Ich sehe z.B. nicht, warum die Benutzer Eurer Software Eure Website nutzen sollten, nur weil sie sich da jedesmal anmelden müssen und dann eine Lampe "eingeloggt" sehen. Zudem läuft das JavaScript, von dem Du sprachst, im Client. Das wollt ihr wohl aber gar nicht, wenn ich Deine Aussagen richtig deute, weil dann jeder den Quellcode sehen kann (und es zusätzlich nicht sonderlich performant ist).
Wenn ich Dich richtig verstanden habe, möchtet ihr grundsätzlich folgendes tun: Daten aus einer kommerziellen Software an einen Server senden, dort Berechnungen mit den Daten durchführen und die berechneten Daten wieder zurück an die Software senden. Außerdem soll es ein Lizenz-System geben (Registrierung / Anmeldung), wie auch immer das dann schließlich aussieht.
Wenn ihr mit dieser Aussage zu einem Experten geht, wird der Euch sicherlich ein oder mehrere Lösungen präsentieren.
Ich wünsche Euch viel Erfolg bei Eurem Vorhaben, mehr kann ich gerade leider nicht beitragen.
Gruß Dennis