Hallo Tom,
zunächst mal... wenn du partout kein fertiges CMS nehmen möchtest, ist das vollkommen OK und macht auch unter Umständen sehr viel Sinn.
Die Sache hat lediglich einen Haken, wenn Du sofort Fremde auf dieser Seite agieren lassen willst, dann artet das Backup in sehr viel Arbeit aus. (Sicherheitsaspekte, Komfort, etc...)
Ich habe mich früher sehr viel mit dem Thema auseinandergesetzt und möchte Dir kurz meine Erfahrungen schildern, vielleicht hilft das bei deinen Gedankengängen.
Jahrelang, und immer wieder aufs Neue, komme ich auf die Schnapsidee, warum selbst machen, wenn schon fertig. Dann teste ich wie wild, alles was da ist (Joomla, Wordpress, Cutenews, etc...) und wähle das was am ehesten zielführend ist, aus. Doch so gut wie immer stelle ich dann irgendwann fest, der anfängliche Vorteil kehrt sich bei individuellen Anpassungen sehr schnell ins Gegenteil, also Mehraufwand. So komme ich dann meistens auf den Trichter, es doch von Beginn an selbst anzupacken. Und das hat auch durchaus seinen Reiz, dabei sind einige schöne Projekte bei rumgekommen. Und der Lerneffekt war natürlich gewaltig, wenn... na ja wenn man nicht wieder leider fast alles vergisst 😉 Denn das ist das grösste Problem, Du kannst dir noch so geniale Routinen/Sachen ausdenken, wenn Du nicht mindestens nochmal die gleiche (besser mehrfache) Zeit für die Doku dazu aufwendest, wirst, wenn du dich lange nicht mehr damit beschäftigst, kaum noch, ohne erneut darin einzuarbeiten, noch was mit anfangen können. Mein LieblingsCMS, was ich mir gebastelt habe, basiert nur auf eine einzige Datei, die sogar Dateien (Bilder sowieso) in dieser einen Textdatei integriert hat, inkl. kompletten User und Adminbereich (Natürlich nur sinnvoll bei überschaubaren Grössen). Müsste sie nachher oder morgen mal rauskramen, dann stelle ich es mal hoch. (Aber ist natürlich ziemlich viel veraltet dran)
Aber zu deiner eigentlichen Frage...
In jedem Fall so modular wie möglich und keine DB fürs Basissystem. (Aber auch nicht für jede Datei ein Verzeichnis, wieso willst du das?) Das bedeutet du fängst zunächst mit der Userverwaltung und dem Loginbereich an. Ab hier wird's dann schwierig, weil kann ja in viele Richtungen gehen, was planst Du genau? Einen Blog oder sowas ähnliches?
Gruss
Henry