Dabei hatte ich die Dateien per FTP aktualisiert. Das verstehe ich nicht wirklich.
Ein Blick in den Krug:
Wenn Du Wordpress über die Admin-Oberfläche Deines Webhosters einrichtest, dann ist es sehr wahrscheinlich so, dass nicht etwa das Wordpress aus Deinem Verzeichnis benutzt wird, sondern ein Link oder Alias gesetzt wird - und zwar auf eine Installation Deines Hosters, die Du (abgesehen von ein paar Konfigurationsparametern) gewiss nicht überschreiben kannst. Was (in vielen Fällen) übrigens auch sicherer ist, weil der Hoster dann für Sicherheitsupdates sorgt. Selbst auf einem eigenen Server lässt sich Wordpress über die Linux-Paketverwaltung installieren (landet dann (wohl) unterhalb von /usr/share/) und updaten - was eine gute Idee ist. Die Hoster nutzen dann Administrationspanele, welche Dir die Nutzung und Konfiguration für Deinen Webauftritt erlauben.
Das nunmehr (oder seit langem) doppelte und nutzlose Wordpress kann nunmehr im schlimmsten Fall ein Risiko sein oder es werden.
ToDo:
Frage den hoffentlich wissenden Support Deines Hosters, ob Du Deine Installation bedenkenlos löschen kannst, wenn Du im Admin-Panel Wordpress "installiert" (genauer: aktiviert) hast.