Letztendlich liegt ja die Serverumgebung auch im Speicher: Für den wahlfreien Zugriff. Und genau das muss eine Konfiguration auch. Der Unterschied ist jedoch, dass auf die Serverumgebung jede Anwendung nach CGI/1.1 zugreifen kann, auf die Konfiguration aber nur die eigene Anwendung.
Du versuchst Probleme auf der Anwendungsschicht zu lösen, die in der darunter liegenden Schicht bereits gelöst sind. Wieso willst du überhaupt mehrere Anwendungen in der selben Serverumgebung betreiben? Das ist zum Scheitern verurteilt. Verschiedene Anwendungen erfordern verschiedene Priveligien, unterschiedliche Zuteilung von Rechenressourcen, unterschiedliche Software-Abhängigkeiten und isolierte Umgebungen, damit sie sich nicht gegenseitig behindern, blockieren und sicherhetiskritsche Einstellungen leaken. Dinge, die man in den Virtual-Host-Konfigurationen des Apache-Server löst.
Und da jeder RAM sein Gedächtnis verliert wenn der Srom weg ist, muss auch Deine Konfiguration irgendwo persistent sein. Somit kann ein Laden Deiner Konfiguration in den Hauptspeicher gar nicht die Lösung zur Trennung vom Repository sein, sowas in die Dokumentation zu schreiben ist irreführend.
Mein Vorschlag ist, die Konfiguration im Apache Server bzw. Virtual Host zu speichern. Dort liegt sie getrennt vom Code-Repository der jeweiligen Anwendung.