bei allen Ausführungen finde ich aber merkwürdig, dass die entsprechenden Newsletter und Werbemails ankommen, die Bestellbestätigung aber nicht. Der Absender ist der gleiche.
Tja. Hier denkbar: Die Bestellbestätigung sendet der Webserver (der die ja auch erzeugt) womöglich direkt, für Newsletter und Werbemails wird ein anderer Server benutzt. Und irgendjemand auf Seiten der Versender hat vergessen die SPF-Einträge (hier für Flixbus.de) an die Sender anzupassen (hier die IPs(!) des Webservers). Jedenfalls tauchen die Webserver nicht im SPF-Record auf. Aber wissen kann ich das nicht, weil ja auch die Webserver einen "Smarthost" nutzen können.
Ansonsten kann die Ursache auch noch bei Dir liegen. Nämlich falls Du die Mails von einem POP- oder (dem dann übertriebenen) IMAP-Server abholen lässt und in Deinem Netz einen eigenen Mailserver (e.g. "Exchange") betreibst und aus irgendwelchen Gründen nicht so ganz genau weißt, was der warum ausfiltert.
Vor einigen Jahren habe ich Flixbus ein oder zweimal mal genutzt. Auf meinem googlemail-Konto kamen deren Bestellbestätigungen damals an. Und ich mag mir nicht vorstellen, dass Flixbus einen solchen Fehler nicht schon längst bemerkt und behoben hätte.
[Edit: Im letzten Satz stand ursprünglich "kann" statt "mag". Können kann ich es doch. Aber halt nur widerwillig.]