Jürgen: Linux einrichten

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Wie muss ich das bei der Einrichtung des Systems vorsehen?

Einfach bei der Frage, wie du die Partitionen anlegen willst, nicht den Automatismus nutzen, sondern es mit dem Assistenten selbst machen.

bringen, die ich später auf die zweite HDD spiegeln bzw. kopieren möchte.

Du kannst auch während der Installation schon lvm- und md-Devices anlegen, das passiert an der selben Stelle.