Untersuche zu erst in einer SSH-Sitzung auf dem Webserver, ob SSI überhaupt nötig ist:
grep -Ri '<!--#include' ./
grep -Ri '<!--#if' ./
grep -RiP '<!-- *#' ./
Keine Funde? Dann brauchst Du das nicht und kannst es einfach weglassen.
Falls doch: Zeige mir die Funde und poste Deine aktuelle .htaccess vollständig und ohne jede Veränderung.