Im konkreten Fall hab ich einfach eine komplette Neuinstallation durchgeführt. Ich habe vorher das ganze Home-Directory (selbstverständlich inkl. der "verborgenen" Verzeichnisse) gesichert
Das hast Du richtig gemacht.
Beim nächsten Mal sichere unbedingt auch die Inhalte von /etc (aber nicht brutal zurückschreiben - sonst geht wieder was kaputt ) und zum Beispiel (Du musst hier nachsehen und darüber nachdenken, was genau gebraucht wird) /var/lib/mysql, /var/mail, /var/www, '/var/spool', …