Tach!
user_ini.filename = ".user.ini"
Ja, die .user.ini ist eine Möglichkeit, Werte zu ändern, die aber bei der Ausführung als Apache-Modul nicht zur Verfügung steht. Da geht nur die .htaccess als Per-Dir-Konfiguration.
Generell sollte man aber versuchen, PHP nicht als Apache-Modul laufen zu lassen. Es gibt mit FPM eine gute Alternative, die getrennte Prozesse und damit auch getrennte Nutzer bei der Ausführung unterschiedlicher Projekte erlaubt.
dedlfix.