Lieber henry,
es ist fragwürdig, welchen Sinn Deine JS-Checkboxen haben sollen. Ihnen fehlt eine sinnstiftende (semantische) Einbindung ins Dokument. Auch wenn sie per JS erstellt werden, sollte es ein passendes <label> dafür geben. Außerdem brauchen die Checkboxen ein name-Attribut, wenn ihr Wert auf der Serverseite verarbeitet werden soll.
Beschreibe doch mal, was Du wirklich erreichen möchtest. Dann kann man Dir auch sinnvolle Ratschläge geben. Du bist doch nun schon lange genug dabei, dass Dir das eigentlich längst klar sein müsste.
Liebe Grüße
Felix Riesterer