Hallo Nick,
merke dass java ungleich JavaScript. javaScript ist nicht ganz so verschrien wie java, aber es wird trotzdem oft davon abgeraten es zu benutzen, weil einge leute eben doch kein JavaScript eingeschaltet haben.
Ja, viele leute (ich auch) designen ihr seiten erst in einem grafik program und setzen es dann in HTML um. Dabei wird das grafikprogram oft nicht benutzt weil man damit tolle bilder und buttons zaubern kann, sondern weil es viel einfacher zum handtieren und bearbeiten des layouts ist.
Du solltest auf jedenfall darauf achten dass du nicht zu viel grafik auf deine Seiten einbindest, Man kann sogar, wenn man gut ist (ich nicht) ganz ohne bilder/grafiken auf einer Seite auskommen, die dann trotzdem klasse aussieht.
für animation und effekte ist CSS sehr schön zu nutzen, zumindest wenn es um links geht. mehr über CSS kannst du hier unter selfhtml lesen, keine sorge, das ist nicht schwer.
gruss,
Blau