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Hallo Marc
Du könntest die Überprüfung mit onfocus="" im body machen.
So bald das Hauptfenster dann wieder den Fokus bekommt, sollte dann die Überprüfung statt finden.
Außerdem könntest Du mal ausprobieren, was onunload="" im body-tag des Popup bewirkt. Ich vermute, dass der beim schließen des Popups ausgeführt wird.
Dann könntest Du beim schließen über opener eine Funktion um Hauptfenster aufrufen.
Grüße
Daniel