Hallo,
im allgemeinen kann man bei dieser Art von "Annotationen" zwischen proxybasierten Verfahren und browserbasierten Verfahren unterscheiden.
Beiden ist gemeinsam, dass die Anmerkungen auf einem eigenen Annotations-Server gespeichert werden.
Beim proxybasierten Verfahren verschmilzt dann ein Vermittler die Dokumente von Webserver und Annotationsserver: siehe hierzu z.B.
http://crit.org/index.html
Beim Browserbasierten fügt der Browser selbständig Dokumente und Annotationen zusammen: Amaya z.B. ist ein Browser der das kann.
siehe hierzu z.B. http://www.w3.org/2001/Annotea/
oder http://annozilla.mozdev.org/
Gruss,
Thorsten