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Hallo Sascha,
Was mache hier falsch? Habt Ihr ne Lösung?
Ich finde die gesamte Lösung nicht so glücklich. Warum lässt Du Dir nicht jede Reihe Deines Ergebnisses mit mysql_fetch_array() in ein Array schreiben und wandelst das mit implode() in einen String. Dabei kannst Du auch eine Konstante für das Trennzeichen Deiner Wahl definieren.
CSV-Dateien dürfen AFAIK als Trennzeichen Komma, Semikolon oder das Pipe-Zeichen haben. Am Ende folgt dann ein \n für den Zeilenumbruch. Wenn Du es so machst sollte er alle Sonderzeichen innerhalb des Strings ingorieren und als Teil des Strings ausgeben. Ausnahme könnten Anführungszeichen sein, diese kannst Du mit einer passenden Funktion wie add_slashes, oder htmlspecialchars entsprechend maskieren.
Gruss AndreD