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sollte es auf einem webserver, im root, zwei verzeichnisse geben, eins für http (htdocs) und eins für cgi (cgi-bin)? oder nur eins für alles?
Nein. Sofern Du mit "Webserver" den Rechner meinst und dementsprechend mit "root" das Wurzelverzeichnis des gesamten Dateisystems, dann haben die Dokumente dort eh nichts zu suchen.
Meinst Du mit "webserver" & "root" das Dokumentenverzeichnis, dann ebenfalls nicht, weil das Dokumentenverzeichnis bereits htdocs heißt und Du an Sachen (inklusive CGIs), die außerhalb von htdocs/ liegen, nicht per Webbrowser rankommst.
Gruß,
soenk.e