Hi!
diese Frage führt in religiöse Bereiche der Diskussion.
(Konkret bei Java Server Pages mag ein wesentlicher Grund darin bestehen, nur eine einzige, gemeinsame Sprache für client- und serverseitige Anwendungen lernen zu müssen - aus demselben Grund gibt es wohl sogar serverseitiges JavaScript, auch wenn ich keine konkrete Anwendung dafür nennen könnte.)
Naja, ich finde bei größeren Web-Projekten hat Java durchaus Vorteile, eben durch vorhandene, gute Entwicklungsumgebungen, Applikationsserver und eine nicht zu vernachlässigende breite Akzeptanz - im Gegensatz zu PHP.
Und es gibt auch einen Apachen für JSP...: http://jakarta.apache.org/tomcat/
Grüße
Andreas