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Ich hab' die Lösung gefunden *freu* - das Problem war, dass die html-Dateien (templates), die ich schützen wollte, natürlich nicht vom Browser, sondern vom Perl-Script angefragt wurden. Da funktioniert htaccess dann nicht, wie ich via Google herausgefunden habe.
Die Lösung: ich binde in eine HTML-Datei mittels SSI <!--#include virtual="/cgi-bin/sript.pl?parameter=wert" --> das Perl Script ein. Alle Dateien mit dem include, die ich so schützen möchte, lege ich in einen Ordner - und den schütze ich mit htaccess.