Hallo Martin.
soweit ich weiß, unterstützt das ico-Format gar keine Alphatransparenz, daher stellt sich die Frage nach dem Vorgehen nicht.
Dann solltest du dein Wissen ein wenig auffrischen.
Ich nutze alphatransparente Icons zuhauf; hier ein kleines Beispiel.
Soweit ich mich erinnere, enthält das ico-Format zwei Bitmasken und sieht für jedes Pixel erst eine AND-Verknüpfung mit der ersten und dann eine XOR-Verknüpfung mit der zweiten Maske vor. Damit sind außer einer deckenden Farbe für jedes Pixel noch die Werte "volltransparent" und "invertiert" möglich.
Was sich mit WinXP geändert haben muss: Icons for Windows XP
Einen schönen Freitag noch.
Gruß, Ashura