Wie kann ich nun nach einer gewissen Zeit, die der User auf der Hauptseite verbleiben muß prüfen, ob dieses Popup immer noch geöffnet ist?
Gar nicht.
Die einzige Möglichkeit zu prüfen, ob ein Fenster evtl. offen ist, ist die Eigenschaft closed des window Objektes. D.h. du brauchst die Referenz auf das Fenster die bekommst du nur durch window.open(...), wenn du an diese kommst, dann kanst du nach x-millisekunden testen ob es schon geschlossen wurde.
Struppi.