Was erhälst du für Fehlermeldungen? Was sagt die error_log dazu?
RewriteRule ^pages/([A-Z][A-Za-z0-9:_-]*)$ pages/index.php?file=$1 [L,QSA]
Liegt die .htaccess im Document Root? Hast du schon mal probiert, an die Pfade noch einen / vorne dran zu stellen?
Ja also bei mir ist das so aufgebaut:
subdomain.meineseite.de zeigt den inhalt vom Sever an: /subdomain/
Und im Ordner /subdomain/ liegt die .htaccess
Meine Index.php liegt in /subdomain/pages/