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Hallo,
vielleicht kannst du doch nochmal Kabel und Jumper überprüfen,
alle als Master oder vielleicht cable-select, eine HD an jeden
Controller (und ans Kabelende).
(Deine Beschreibung scheint mir da auch widersprüchlich ob du
nun bei IDE-0 und IDE-1 jeweils einen Master hast oder nicht).
Hast du schonmal im Bios geschaut, Bootreihenfolge, vielleicht
ist da S-ATA als SCSI Controller gelistet und du kannst das
dann als 1. Bootdevice auswählen.
Grüsse
Cyx23
Der Martin