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Hallo,
PHP = Serverseitige Sprache
JavaScript = (in 99% der Fälle) Clientseitige Sprache
So, wo kommen sich die 2 in die Quere? Garnicht. Das PHP Script erzeugt eine Ausgabe an den Client. Ist in dieser Ausgabe JavaScript _korrekt_ eingebunden, wird dies clientseitig ausgeführt.
Sollte dies bei dir nicht funktionieren, dann liegt das vermutlich daran, dass dein Quelltext fehlerhaft ist. Also her damit, damit wir ihn in der Luft zerreissen können und dir 30 links zu HTML Whitepapers geben können ;-))
Gruß,
Philipp