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Nun ist meine Frage, ob ich die ID's der Varianten (Tabelle 3) auch noch mit den Produkten (Tabelle 1) verknüpfen muss, oder nicht.
Ist solch eine Dreiecksverbindung nötig, oder kann ich die selben Informationen auch so extrahieren?
eine dreiecksverbindung deutet auf ein falsches design hin.
um ein design zu erstellen, mußt du erst einmal deine anforderung klären. wenn du eine hierarchische beziehung hast, ergeben sich gruppen in der höheren ebene. das sollte in einer 1:n beziehung stehen.
andererseits willst du vielleicht eine horizontale beziehung bearbeiten, oder die zusätzlichen merkmale befinden sich in einer flachen struktur.
solange du deine anforderung nicht klar gestellt hast, ist ein nachdenken über ein design (also umsetzung) nicht möglich.
male deine anforderung einfach mal visuell auf ein blatt papier. wahrscheinlich wird es dann klarer.