Hallo Marc,
Ich habe die Beispielseite (Code) hochgeladen.
Füge das noch ein, dann geht's zumindest im IE6 unter Linux:
myPlayer.movie = "emff_standard.swf?src=" + encodeURI(uri) + "&autostart=yes";
Evtl. willst Du die anderen <param>s auch so setzen, da habe ich nicht probiert, inwieweit die im IE übernommen werden.
Viele Grüße,
Christian