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je nachdem, wie stark das system ausgelastet ist, würde ich das über einen FULL OUTER JOIN der beiden Tabellen machen und nach NULL abfragen oder aber nach dem MINUS operator, falls mysql das kann.
Kann MySQL überhaupt zwei Tabellen auf verschiedenen Servern in EINER Abfrage bedienen? Da zweifel ich doch mal sicherheitshalber.
Kalle