Ich bin auch durch zahlreiche Performance-Steigerungs-Seiten für MySQL und PHP etc. durchgegangen, mit dem einzig wohl zu vermutenen Erfolg, dass die Fehlermeldung jetzt superschnell angezeigt wird.
;)
Habe noch sowas gefunden: http://drupal.org/node/93496
Was ich jetzt noch nicht genau verstanden habe, Du hast die überall angeregten (unterschiedlichen) Konfigurationseinstellungen vorgenommen, aber immer noch keine Problemlösung, auch kein work around?