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nein, $F[2][2] wird vollständig überschrieben, nicht teilweise. Und ebenso wird in Deinem Code, den Du im Ausgangsposting nanntest, $F vollständig überschrieben, denn genau $F steht auf der linken Seite der Zuweisung.
Genau das mein ich ja damit.
$F[2][2] wird vollständig überschrieben aber der Rest des zweidimensionales Arrays nicht.
Das array_fill das array löscht hab ich auch gemerkt, aber gibt es eine funktion die ein gebiet eines arrays überschreibt und nicht löscht?