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Meine Idee wäre, dass man den Rahmen des Fahrplans, also Haltestellen und Verkehrseinschränkungen, vom reinen Zahlenwerk, also den Abfahrtzeiten, trennt.
Mit Server Side Includes lassen sich Seiten auf dem Server aus Einzelteilen zusammensetzen. In Deinem Fall wäre das Zahlenwerk eine eigene Datei, die jeweils aus den drei Rahmendateien mit <!--#include virtual="zahlenwerk.html" --> eingebunden wird.
Andererseits sollte jeder Texteditor in der Lage sein, die Fahrplantabelle von einer Datei in die nächste zu kopieren, insofern liegt die Problematik dann vielleicht doch woanders.