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Hi,
Es heißt immer "es gibt zwei Möglichkeiten" oder "zusätzlich sollte man besser" aber eine verbindliche Aussage wie "Die Ablage im Rootverzeichnis ist für alle Browser ausreichend" oder "Um das Funktionieren in allen Browsern zu gewährleisten muß von allen Seiten/Unterseiten auf das .ico verwiesen werden" habe ich jedenfalls nicht gesehen.
Belegen kann ich das leider auch nicht, aber Du solltest es so machen. Manche Browser fordern generell /favicon.ico an und manche interpretieren möglicherweise das link-Element nicht. Du bist also auf der sichersten Seite, wenn Du /favicon.ico zur Verfügug stellst und auch über <link> referenzierst.
freundliche Grüße
Ingo