ich schätze, du machst den submit des formulars letztendlich mit der checkFields-funktion?
function checkValues()
{
if ( document.getElementById("aValue").checked )
{
alert("Checked!");
document.forms["uploadForm"].uploadValues.value = "true";
alert(document.forms["uploadForm"].uploadValues.value);
}
document.forms["uploadForm"].submit();
return true;
}