Hi Matze,
also dafür bräuchtest du nicht unbedingt PNGs (Grund sind die Schatten, right?). Z.B. das PNG in der mainbox: Schatten über der Navi kommt in das Hintergrundbild der Navi und die kriegt den höheren z-index. Schatten der Navi schneidest du passend für deinen body Hintergrund. Etc pp...
Allerdings gibts wohl Lösungen für dein Problem, guck mal hier: Super-Easy Blendy Backgrounds Gegen Ende des Textes kommt Matthew O'Neill auf den Bug zu sprechen und löst das (und verweist auch noch hier hin: http://www.hrunting.org/csstests/iealpha.html).
Damit solltest du hinkommen, brauchst du nicht alles ändern ;-)
Gruß
Antipitch
PS: Auf A list apart gibts auch interessante Atikel über css-Techniken für Schatten.