So, jetzt funktioniert es, hab einfach die index.shtml in oben.inc und unten.inc aufgeteilt und in die Mitte einfach die Unterseiten als Include Befehl gesetzt, sieht so aus:
index.shtml Inhalt:
<!--#include virtual="/oben.inc" -->
<!--#include virtual="/index.inc" -->
<!--#include virtual="/unten.inc" -->
Bei den anderen Seiten genau so. Jetzt wüßte ich nur gerne wieso der IE wieder zickt...