Ich würde einen Inline-CSS Tag benutzen.
style="background-color:transparent";
Einfach in den entsprechenden HTML-Tag kopieren. Obs der IE6 kann weiß ich nicht. Ich entsinne mich aber, das ichs selbst mal so gemacht hab, denn anders ging es nicht wirklich.
Möglich wäre noch eine leere Seite in den Frame zu laden, ein Screenshot zu machen, den Frameinhalt auszuschneiden und als FIXED Background für den IE zu verwenden innerhalb jeder HTML Seite für den IFrame. Das sieht dann so aus, als wäre es transparent..