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Hallo,
für Benutzerverwaltung (Accounts) usw. würde ich, wenn .htaccess und so nicht den Zweck erfüllt durchaus die Verwendung einer Datenbank in Betracht ziehen. Eine Datenbank kann an der Stelle natürlich auch ein "Verzeichnisdienst" wie Active Directory, Passport oder ähnliches sein.
Wenn du nach "besser" fragst, solltest du nach "besser als WAS" fragen. Besser als nichts ist es allemal.
401 fände ich als HTTP Status aber besser :) Aber letztenende bleibt es dir überlassen.
Wenn ich so deine Fragen lese, drängt sich mir die Vermutung auf, dass du dich schon ziemlich in Details verzettelt hast. Mach dir doch erstmal ein hübsches kleines plattform-unabhängiges Modell (PIM). plattform-unabhängig heisst dabei: völlig frei von jedem technischen Kram wie DB, mysql, .htaccess, Apache, PHP, Array und so weiter. Starten solltest du mit so genannten "Use Cases" (Benutzungsfälle) und Actors (Benutzer/Zielgruppe).
Von solch einem PIM gehst du dann zu einem plattform-abhängigen Modell über: Was machst du womit, z.b Datenspeicher mit Xml Datei, Webserver wird Apache oder IIS sein usw. so näherst du dich kontrolliert immer mehr de(ine)n eigentlichen Programmiertätigkeiten.
Ciao, Frank