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Welches Dateisystem du nimmst ist ja ansich deine Entscheidung. Da musst du schauen was du brauchst und womit dein Betriebssystem zurechtkommt.
Bei FAT32 ist die maximale Dateigröße 4 GB, ob das nun eine ZIP Datei ist oder sonstwas ist relativ egal - die Grenze bleibt.
NTFS soll wohl bei Wechselmedien nicht so gut sein, also würde ich dir zu FAT32 raten.
Wenn du für ein Backup ein Archiv erstellst kannst du das ja splitten, z.b. mit RAR (.rar, .r00, .r01, .r02...). Mit ZIP ging das soweit ich mich erinnere auch irgendwie.
Der Martin