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Hohoh.
Grundsätzlich kann ich mir nur schwer vorstellen, dass irgendwas außer Flash selbst den Export verlässlich hinbekommt. Im Gegensatz zu z.B. ".flv" handelt es sich hier ja _nicht_ um einen definierten Videocontainer, sondern um FLASH VM Bytecode...
Bzgl. des eigentlichen Exportproblems fällt mir zunächst nur ein: Hört sich komisch an :-( Muss es denn mov sein? Was passiert, wenn Du es als avi exportierst?
Meinereriner schwört auf Mplayer sowohl für die Wiedergabe, wie auch Diagnose. Wenn Du das Video irgendwo abrufbar machst, kann ich Dir wahrscheinlich auch sagen, welchen Codec Flash für Dein mov verwendet hat...
Grüße