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Prinzipiell bleiben Referenzen auf Knoten solange intakt, solange die Knoten noch eingehangen sind. Wenn sie ausgehangen werden, existieren die Referenzen weiter und sind nutzbar, aber es treten die besagten Phänomene auf (kein parentNode und dergleichen).
Danke für deinen Tipp. Es war tatsächlich eine der 600 Zeilen vorhanden, die früher als gedacht ausgeführt wurde und das DOM als Bugfix für den Firefox neu gesetzt bzw. aktualisiert hat. Geändert wurde an sich nichts am Aufbau, es wurde nur elt.innerHTML = elt.innerHTML ausgeführt.
Grüße
Jimboo