Ahoi,
es liegt daran, dass Javascript und PHP nichts meiteinander zu tun haben (und Java schon garnicht).
Bau das Javascript erstmal ohne PHP, reiner Text. onlick=meinefunktion().
Wenn das klappt, dann nutze PHPs alternative Syntax.
<?php if($something):?>
<p>normales html hier</p>
<?php else:?>
<p>anderes html</p>#
<?php endif?>
Dank und Gruß,